В 1840 году в селе Мужи был открыт приход, и в том же году была построена первая деревянная церковь во имя святого Архистратига Божия Михаила. Этот храм был срублен в Тобольске на казённые средства и доставлен в Мужи на баржах. Здание представляло собой деревянное сооружение с колокольней и оградой. При церкви имелись два казённых деревянных дома для священнослужителей.
К 1881 году первая церковь обветшала и стала тесной для прихожан. В связи с этим было принято решение о строительстве нового храма. В 1881 году началось возведение второй деревянной церкви с тремя престолами: главным — во имя святого Архистратига Михаила, правым приделом — Благовещения Пресвятой Богородицы, левым приделом — святителя и чудотворца Николая. В 1884 году новая церковь была освящена. Однако в том же году обе церкви — старая и новая — сгорели, удалось спасти лишь иконы и престол с антиминсом.
После пожара на месте сгоревших храмов были установлены небольшие деревянные часовни. В 1891 году, благодаря усилиям прихожан и благотворителей, была построена третья деревянная церковь во имя святого Архангела Михаила. Здание было обшито тёсом, покрыто листовым железом и окрашено масляными красками. В церкви имелся один престол. В 1914 году отмечалось, что здание храма требует ремонта.
Приход храма охватывал значительную территорию, включая несколько юрт на расстоянии от 3 до 195 вёрст от села Мужи. В начале XX века в приходе числилось 323 двора, с общим количеством прихожан: 980 мужчин и 957 женщин. Земли усадебной и пахотной для причта не было, но имелись сенокосные угодья, отведённые остяками из своих дач. Церковный капитал составлял 2607 рублей 30 копеек и находился в кредитных учреждениях. Жалование священнику составляло 360 рублей, псаломщику — 120 рублей. Причт также пользовался процентами с капитала в 200 рублей, пожертвованного купцом Карповым на вечное время. Кружечных доходов получалось до 600 рублей в год. Дома причта были деревянными, построенными прихожанами и находились в их собственности.
В 1887 году при церкви была учреждена церковно-приходская школа, которая размещалась в доме, пожертвованном купцом С. Т. Окуневым. Занятия в школе проходили два раза в год: в декабре и весной, в Великий пост.
В советский период, 16 августа 1935 года, состоялось заседание Омской областной комиссии по вопросам культов, на котором было принято решение о закрытии церкви в селе Мужи. В постановлении отмечалось, что церковь не использовалась по прямому назначению с 1930 года, а община прекратила платить налоги и земельную ренту. Учитывая ходатайство подавляющего большинства населения Мужевского сельского совета о закрытии церкви и передаче её под клуб, комиссия постановила закрыть церковь и передать её в распоряжение сельского совета для использования под клуб. В 1961 году здание храма было разобрано на дрова, а на его месте построен центр народного творчества.
Спустя более шестидесяти лет, в 1993 году, администрацией было выделено помещение для совершения богослужений — здание бывшего сельского совета. В 1995 году был зарегистрирован приход. В 1997 году, по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, началась подготовка к строительству нового храма. В 1998 году иереем Вадимом Барановым было освящено место, и начато строительство.
