Первое упоминание о деревянной церкви в этом селе датируется 1702 годом.
В 1846 году, на средства прихожан, была возведена новая каменная церковь в стиле позднего классицизма. Этот храм стал главным в округе, к нему была приписана церковь Иоанна Богослова в селе Крутчик. Архитектурно здание представляло собой прямоугольный объем с полуциркульной апсидой, увенчанный традиционным пятиглавием. Фасады и грани световых барабанов были обработаны пилястрами, оконные проемы имели полуциркульное завершение, а венчающий карниз был подчеркнут декоративным аркатурным пояском. Внутри храма находились главный престол во имя Рождества Христова и придельный престол во имя святого пророка Илии.
После революции 1917 года церковь была закрыта и подверглась значительным разрушениям. В 2005 году, благодаря инициативе и усилиям местных жителей, начался процесс восстановления храма. К 2010 году основные реставрационные работы были завершены, и храм был освящен епископом Никоном.
Согласно постановлению главы администрации Липецкой области от 27 февраля 1992 года № 106, церковь Рождества Христова в селе Поддубровка признана памятником архитектуры и объектом исторического и культурного наследия регионального значения.