Мальский монастырь был основан в 1471 году преподобным Онуфрием, учеником преподобного Евфросина Елеазаровского. Обитель располагалась на берегу Мальского озера и первоначально представляла собой скит, который со временем превратился в монастырь. К середине XVI века в монастыре уже имелось две церкви и проживало 12 монахов.
Главный храм монастыря — Спасо-Рождественская церковь — был построен во второй половине XVI века. Архитектурно храм представляет собой небольшое здание простой формы, увенчанное пятью главами. Церковь стоит над святым источником, который вытекает из-под алтаря.
В 1581 году монастырь был разрушен венгерскими отрядами польского короля Стефана Батория, возвращавшимися к Пскову после неудачного штурма Псково-Печерского монастыря. Все насельники обители были убиты. В 1675 году монастырь был возобновлён, о чём свидетельствует надпись на одном из колоколов звонницы. В 1710 году монастырь вновь подвергся разорению со стороны шведов. В 1730 году по указу императрицы Анны Иоанновны монастырь был восстановлен при епископе Псковском Рафаиле Зборовском.
В 1764 году в царствование Екатерины II монастырь был упразднён, а при Спасо-Рождественском храме открыт приход. С тех пор Малы стали называться погостом и были приписаны к Псково-Печерскому монастырю. В 1902 году к храму был пристроен придел в честь преподобного Онуфрия Мальского. Строительство осуществлялось на средства, собранные прихожанами и благотворителями. Здание церкви каменное, продолговатой формы, с каменным притвором. Главный храм о пяти главах, придельный с одной главой. Колокольня каменная, отдельно стоящая, соединена с развалинами древнего монастырского храма. На ней размещены восемь колоколов различного веса.
