Первое упоминание о храме в честь Рождества Христова в селе Красный Яр относится к 1761 году, когда было завершено строительство деревянной церкви. Освящение храма состоялось в 1767 году. Село Красный Яр, основанное в XVII веке, к середине XVIII столетия стало значительным населённым пунктом в Заволжье, что обусловило необходимость возведения собственного храма.
В 1859 году по инициативе прихожан здание церкви было перенесено на новое место. В 1882 году храм подвергся расширению, после чего мог вмещать до 700 верующих. При храме действовала церковно-приходская школа для мальчиков, учреждённая в 1884 году. Школа размещалась первоначально в доме священника, а позднее для неё было построено отдельное здание.
К началу XX века храм был вновь расширен и мог вмещать до 1500 прихожан. В архитектурный комплекс входили колокольня, каменная ограда и сторожка. Штат причта состоял из священника и псаломщика, проживавших в общественных домах.
В 1930 году, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт, частично разобран и переоборудован под сельский клуб. Впоследствии здание пострадало от наводнения и было разрушено. Помещение церковно-приходской школы было преобразовано в столовую для колхозников.
В 2006 году здание бывшей церковно-приходской школы было передано Русской Православной Церкви, и в нём был образован приход в честь Рождества Христова. Первое богослужение состоялось 19 января 2006 года. В том же году, 7 февраля, антиминс был освящён епископом Саратовским и Вольским Лонгином.
С 2006 по 2008 год велись работы по благоустройству приходской жизни. В 2012 году здание храма, являющееся памятником истории, было отреставрировано. В храме регулярно совершаются богослужения по воскресным и праздничным дням.
