В XVI—XVII веках на месте нынешнего храма функционировал Рождественский женский монастырь, упразднённый в 1764 году в ходе секуляризационной реформы Екатерины II. Первое документальное упоминание о деревянной шатровой церкви на данной территории содержится в сотной грамоте 1620 года. Строителем этой церкви был священник Алексей, известный также под именем Список.
В период 1674—1676 годов в писцовых книгах упоминается ещё не освящённый каменный монастырский храм, возведённый на месте прежней деревянной церкви. Первым покровителем и попечителем этого каменного храма являлся протопоп Московского Успенского собора Кондрат Ильин. Архитектурно здание представляет собой пятиглавый храм в форме куба. Изначально главы были покрыты зелёной черепицей, однако при восстановительных работах сохранить оригинальное покрытие не удалось; впоследствии четыре главы основного здания покрыли медью, а центральную главу и главы приделов — кровельным железом. К основному объёму храма примыкают два придела, также выполненные в форме кубов.
В полукруглых углублениях над арками сохранились фрески с изображениями двунадесятых праздников. На солее и в центральном алтаре уложен пол из разноцветных изразцов, а в основной части храма сохранились литые чугунные напольные плиты XVIII века. Колокольня, построенная одновременно с церковью в середине XVII века, была разобрана в 1931 году.
В 1937 году храм был закрыт, и в его здании разместились склады Балахнинского городского торга, которые функционировали до осени 1988 года. В 1989 году началось возрождение храма: были возобновлены богослужения и проведены работы по восстановлению и благоустройству здания. В 2011 году на месте утраченной колокольни была построена звонница.
