История храма восходит к первой половине XVI века, когда иеромонах Пафнутий основал на этом месте мужской монастырь. В 1552 году, после взятия Казани русскими войсками, по указу Ивана IV Грозного была построена каменная шатровая Никольская церковь, ставшая самым древним каменным храмом Нижегородской епархии. В середине XVII века вместо деревянной была возведена каменная Покровская церковь.
В XVIII веке, из-за упадка соляного промысла, монастырь пришёл в упадок и в 1783 году был упразднён. Однако храмы продолжали функционировать как приходские церкви. В 1903 году в Покровской церкви литургисал Иоанн Кронштадтский. С 1908 года в церкви служил протоиерей Пётр Новосельский, расстрелянный в 1937 году и причисленный к лику священномучеников.
В советское время Никольская церковь использовалась под цеха молокозавода, затем как жилые помещения, а позже — как запасники Балахнинского краеведческого музея. Покровская церковь была закрыта в 1937 году, с 1950 года в ней располагался краеведческий музей.
В 2008 году Никольская церковь была возвращена верующим, и 19 декабря того же года в ней состоялась первая Божественная литургия. В 2011 году в церкви были обретены мощи основателя обители иеромонаха Пафнутия. В 2015 году в подклете Никольской церкви был освящён храм в честь преподобного Сергия Радонежского.
Покровская церковь была передана Нижегородской епархии в августе 2010 года. 14 октября того же года, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, была совершена первая со времени закрытия храма Божественная литургия. В феврале 2011 года группа архитекторов из Владимира провела обмеры внутренних и внешних помещений Покровского храма, выявив множественные сквозные трещины в сводах основного четверика. 10 апреля 2018 года, в Светлый вторник, были освящены кресты и купола храма.
