Храм преподобной Пелагеи в селе Черниговка Кормиловского района Омской области был построен в 1902 году. Средства на строительство, по сохранившимся сведениям, пожертвовала купчиха Пелагея, проезжавшая через село. В связи с этим храм был освящен в честь её небесной покровительницы — преподобной Пелагеи Антиохийской, подвижницы V века.
Село Черниговка основано в 1896 году переселенцами из Черниговской и Тамбовской губерний. Первоначально оно носило название Царские Колодцы — по трём колодцам, выкопанным в этих местах. К началу XX века в селе уже существовала православная община, что и привело к строительству храма.
В 1929 году храм был закрыт советскими властями и переоборудован для хозяйственных нужд. Здание использовалось не по назначению вплоть до 2001 года, когда его возвратили Русской Православной Церкви и вновь открыли для богослужений. За время советского периода внутреннее убранство было утрачено.
В начале 2000-х годов к кирпичному зданию храма была пристроена новая колокольня. В этот же период проведены работы по восстановлению интерьеров и приобретению церковной утвари. Архитектура храма характерна для сельских церквей начала XX века — скромные размеры, лаконичные формы, традиционная ориентация алтарной части на восток.
Приход храма относится к Калачинской епархии Русской Православной Церкви. В храме регулярно совершаются богослужения, включая Божественную литургию по воскресным дням. При храме планировалось создание воскресной школы, для чего предполагалось использовать заброшенное здание бывшего магазина на прилегающей территории.