Первое упоминание о храме в селе Ачаир относится к началу XIX века. В 1816 году на средства прихожан была построена каменная однопрестольная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Храм освящен 3 декабря 1817 года. В клировой ведомости за 1900 год указано, что церковь находилась в ведении Омской епархии, приход составляли казаки мужского пола - 917 человек, женского - 866 человек.
В 1927 году храм был закрыт советской властью, в здании разместился сельский клуб. В 1961 году церковное здание было разрушено. Возрождение приходской жизни началось в 1991 году с регистрации общины и организации домового храма в здании бывшего детского сада.
В 1999 году началось строительство нового храмового комплекса в честь святителя Николая Чудотворца и святого праведного Иоанна Кронштадтского. Исторически территория храма связана с существовавшей здесь в начале XX века Архангело-Михайловской женской общиной, преобразованной в 1912 году в Богородице-Михаило-Архангельский женский монастырь.
В 1930-1953 годах на месте монастыря находилась колония №8 ГУЛАГа. После закрытия лагеря территория использовалась под зверосовхоз «Речной». В 1992 году началось возрождение духовной жизни на этом месте, был установлен памятный крест жертвам репрессий.
Современный храмовый комплекс включает несколько церквей. Главный храм освящен в честь святителя Николая Чудотворца и праведного Иоанна Кронштадтского. Архитектурный ансамбль выполнен в традициях русского церковного зодчества с элементами сибирского стиля.