Село Волокобино, ранее известное также как Вороново и Богородское, впервые упоминается в исторических источниках в 1605 году.В начале XVII века оно принадлежало Семёну Яковлевичу Молвянинову, затем перешло к дворянам Горностаевым, а впоследствии — к Василию Яковлевичу Воронову через брак с Матроной Дмитриевной Горностаевой.
В 1690 году Пётр Осипович Воронов, сын Осипа Васильевича Воронова, заложил каменный храм в честь Смоленской иконы Божией Матери. К 1696 году был завершен второй этаж, посвященный Преображению Господню. Строительство осуществлялось с благословения митрополита Суздальского и Юрьевского Илариона. Храм представляет собой редкий для региона двухэтажный бесстолпный одноглавый храм, выполненный в стиле московского узорочья середины XVII века. Верхний этаж был холодным и посвящен Преображению Господню, нижний — теплым, в честь Смоленской иконы Божией Матери.
Архитектурно храм отличается отсутствием трапезной, что обусловлено расположением двух церквей одна над другой. Фасады украшены фигурным кирпичом, окна обрамлены полуколонками с килевидными фронтонами и архивольтами. Тимпаны кокошников и карниз четверика декорированы зелеными изразцами с изображением птиц и растительных мотивов. Колокольня трехъярусная, с фигурной кровлей и сквозным восьмериком, завершающимся круглой главкой на тонкой шее.
В последующие века храм оставался центром духовной жизни села. В середине XVIII века прапорщик Василий Андреевич Воронов пожертвовал храму несколько ценных богослужебных книг и серебряных крестов. В XIX веке храм подвергался реставрациям и обновлениям, включая обновление фасадов и внутренних росписей.
В советский период храм был закрыт, его имущество конфисковано, а здание использовалось для хозяйственных нужд. В 1937 году храм был официально закрыт, и его помещения использовались как склад. В этот период здание храма подверглось значительным разрушениям и утратам.
В начале XXI века начались работы по восстановлению храма. В 2004 году богослужения были возобновлены, и храм стал подворьем Воскресенско-Федоровского мужского монастыря. В 2010 году храм получил статус приходского и был приписан к храму в честь Смоленской иконы Божией Матери в городе Южа. В настоящее время продолжаются работы по реставрации и поддержанию храма в надлежащем состоянии.