Первоначально в селе Вышгород существовала деревянная церковь, построенная в 1772 году. Первое упоминание о ней в окладных книгах датируется 1776 годом. В числе 197 приходских дворов значился двор стольника Морозова, а в числе угодий, принадлежавших Покровскому причту, упоминалось озеро Струга с истоком, ныне не существующее.
В 1857 году на месте деревянной церкви была возведена каменная церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Строительство осуществлялось стараниями действительного тайного советника, кавалера двора его императорского величества Гавриила Николаевича Рюмина. К новой церкви с западной стороны была пристроена каменная колокольня, а крыша покрыта железом. Храм представлял собой двусветный четверик, завершённый купольной кровлей с главкой, с обширной трапезной, в которой находились приделы во имя Святителя Николая Мирликийского и в честь Преображения Господня. При церкви служили священник, дьякон и псаломщик, полагающиеся по штату. Церковь владела землёй: вместе с погостом — 5 десятин, пахотной — 26 десятин 735 квадратных саженей, сенокосной — 20 десятин в особом угодье. Деревянные и каменные дома были построены для церковного причта. В приходе имелась земская школа, учреждённая в 1887 году.
После революции 1917 года, в период гонений на церковь, храм продолжал функционировать до середины 1930-х годов. Постановлением Рязоблисполкома от 14 апреля 1939 года было принято решение о закрытии Покровской церкви в селе Вышгород. Оставшееся церковное имущество было вывезено, колокола сняты и отправлены на переплавку. В 1937 году в Вышгороде произошёл сильный пожар, в результате которого здание церкви значительно пострадало. После пожара местный совхоз приспособил здание под склад, что способствовало его сохранению.
В 1989 году здание церкви было передано епархии, и местные жители при поддержке руководства совхоза начали его восстановление. 3 января 1991 года было получено благословение архиепископа Рязанского и Касимовского Симона на начало восстановления церкви. 7 июля 1991 года был благословлён первый священник для церковных треб и служения обедни в правом алтаре. С 12 октября 1992 года был назначен новый священник, при котором прошло освящение церкви, а с 23 июля 1993 года служение продолжил следующий священник. С 15 марта 2016 года настоятелем храма был назначен иерей Сергий Костиков.