В середине XVIII века, в связи с активным освоением плодородных земель мултанской стороны и ростом числа поселений, было принято решение о строительстве миссионерской церкви в деревне Мултан. В 1752 году было возведено первое деревянное здание храма Покрова Пресвятой Богородицы. С этого времени населённый пункт получил статус села и вошёл в состав Казанской епархии. Первым священником храма стал Герасим Фёдоров.
В 1774 году, в период восстания под предводительством Емельяна Пугачёва, церковь подверглась разграблению местными жителями. Священник Герасим Фёдоров, опасаясь за свою жизнь, направился в Казань, но был задержан в городе Арске и казнён повстанцами.
В 1791 году Мултанский приход был передан в ведение Вятской епархии. В начале XIX века, в связи с ветхостью деревянного храма и увеличением числа прихожан, возникла необходимость в строительстве нового здания. Купец II гильдии Ефим Фёдорович Шиляев оказал значительную финансовую поддержку в этом начинании. Строительство велось общими усилиями местных жителей, которые предоставляли материалы, в том числе самодельный кирпич, и выполняли строительные работы.
В 1829 году было освящено новое каменное здание храма, ставшее самым крупным культовым сооружением в волости того времени. Высота колокольни превышала 36 метров, на ней размещались 11 колоколов общим весом до 5 тонн. Внутреннее пространство храма составляло 850 квадратных метров и вмещало до 2000 прихожан. Церковные службы проводились на русском и удмуртском языках. Позднее к церкви были пристроены отапливаемый придел и два двухэтажных здания. Перед западным фасадом храма была обустроена площадь, на которой проводились базары и ярмарки.
В 1860 году при храме было открыто двухклассное смешанное церковно-приходское училище, в первый год обучения в котором было зачислено 78 детей. В 1870 году село Новый Мултан стало центром Новомултанского благочиния, включавшего приходы из 67 поселений. В 1874 году село посетил епископ Вятский и Слободской Апполос. В храме было три престола: Покрова Пресвятой Богородицы, Богоявления и Сретения.
В 1937 году, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт, а в 1952 году полностью разрушен. На его месте были построены новые здания, в том числе специальная коррекционная школа. В одном из сохранившихся зданий, примыкающем к школе, в настоящее время ведутся работы по устройству домовой церкви Покрова Пресвятой Богородицы.
В 2013 году, по благословению митрополита Николая, состоялся крестный ход из села Удугучин в село Новый Мултан, в ходе которого была возвращена икона Пресвятой Богородицы «Достойно есть». Икона была написана и освящена в 1881 году на Святой горе Афон в русском монастыре святого Пантелеимона и передана Мултанскому Покровскому храму. После закрытия храма в 1937 году икона была сохранена местной жительницей и впоследствии возвращена в восстановленный храм, где для неё был изготовлен позолоченный резной киот.
