Первоначальное деревянное здание храма было возведено в 1752 году, что совпало с получением деревней статуса села. В 1765 году церковь была освящена во имя Покрова Пресвятой Богородицы. В 1791 году приход был передан из Казанской в Вятскую епархию. Во время восстания Емельяна Пугачёва в 1774 году церковь подверглась разграблению, а священник Герасим Фёдоров был казнён.
В начале XIX века, в связи с увеличением числа прихожан и ветхостью деревянного здания, было принято решение о строительстве нового каменного храма. В 1822 году Вятская духовная консистория выдала храмозданную грамоту на строительство. Строительство велось на средства прихожан и завершилось в 1829 году. Новый храм был пятипрестольным, выполненным в классическом стиле, и стал самым крупным культовым сооружением в волости. Высота колокольни составляла более 36 метров, на ней находились 11 колоколов общим весом до 5 тонн. Внутреннее пространство храма составляло 850 кв.м и вмещало до 2 000 прихожан.
В 1831 году был освящён правый престол тёплой церкви в честь Богоявления Господня, в 1839 году — левый придел в честь Сретения Господня. В 1837 году был освящён холодный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы. В последующие годы были добавлены престолы в честь Рождества Пресвятой Богородицы (1887) и Святого Целителя Пантелеимона (1895).
В 1870 году село Новый Мултан стало центром Новомултанского благочиния, включавшего приходы из 13 сёл. В 1860 году при храме было открыто церковно-приходское училище, в первый год обучения в котором было зачислено 78 детей.
