Село Кокшайск было основано в 1574 году как город-крепость для подавления сопротивления луговых марийцев. С этого времени оно стало административным центром Кокшайского уезда Казанской губернии. В 1765 году статус города был утрачен, и Кокшайск преобразован в село Кокшайское Царевококшайского уезда.
В конце XVIII века, учитывая рост населения и потребность в более вместительном храме, было принято решение о строительстве нового каменного здания церкви. В 1793 году была завершена постройка Церкви Покрова Пресвятой Богородицы. Архитектурный ансамбль храма представляет собой характерный пример провинциального классицизма с элементами традиционной русской архитектуры.
В советский период, с 1920-х годов, церковь, как и многие другие культовые сооружения, подвергалась воздействию антирелигиозной политики. Храм был закрыт, и его здание использовалось для нужд сельского хозяйства. Лишь в 1990 году, после долгого перерыва, была возобновлена его деятельность как православного храма.
В постсоветский период церковь прошла через несколько этапов восстановления. Были проведены работы по реставрации фасадов, восстановлению утраченных элементов интерьера и благоустройству прилегающей территории. Эти усилия позволили вернуть храму его исторический облик и укрепить его значение как духовного центра села.
