История православного прихода в данной местности восходит к XIX веку. В 1869 году на средства жителей наслега началось строительство деревянной однопрестольной церкви во имя Покрова Пресвятой Богородицы, известной как Красноярская церковь. 15 сентября 1885 года епископ Якутский и Вилюйский Иаков (Домский) совершил чин освящения церкви. Храм служил духовным центром для местных жителей до 1962 года, когда он сгорел и был утрачён.
В 1961 году на берегу реки Вилюй был основан посёлок Кысыл-Сыр, расположенный в центре Средне-Вилюйского газоконденсатного месторождения. В 1974 году посёлок получил статус рабочего посёлка.
В начале XXI века, по инициативе местных жителей и при поддержке епархиального управления, было принято решение о восстановлении храма. В 2015 году деревянный храм в посёлке Кысыл-Сыр сгорел. Пожар произошёл 12 июня 2015 года; деревянный храм сгорел почти моментально. Сохранились Евангелие и антиминс.
Через пять лет храм был восстановлен. 4 сентября 2021 года в посёлке Кысыл-Сыр архиепископ Якутский и Ленский Роман совершил чин Великого освящения храма Покрова Пресвятой Богородицы, а затем возглавил Божественную Литургию и крестный ход. Литургия совершалась на церковнославянском и якутском языках; в ней участвовали студенты Якутской духовной семинарии. В конце богослужения архиепископ поблагодарил прихожан за усердные труды во славу Божию, строителей и благотворителей за помощь в возведении храма.
