Посёлок Кысыл-Сыр был основан в 1961 году как базовый населённый пункт для геологоразведочных экспедиций. В 1974 году он получил статус рабочего посёлка.
12 июня 2015 года деревянное здание храма Покрова Пресвятой Богородицы было уничтожено пожаром.
Восстановление храма началось в 2016 году при поддержке компании «Якутская топливно-энергетическая компания» (ЯТЭК) и завершилось в 2021 году. 4 сентября 2021 года архиепископ Якутский и Ленский Роман совершил чин Великого освящения нового храма. В церемонии приняли участие представители местной администрации и жители посёлка.
Архитектурно новый храм представляет собой деревянное здание, построенное в традициях русского православного зодчества. Фасады украшены резьбой, характерной для деревянных церквей Сибири. Внутреннее убранство храма включает иконостас и другие элементы, соответствующие канонам православной церкви.