Первое упоминание о деревянной церкви на этом месте содержится в писцовых книгах Оболенского уезда 1627–1628 годов.С 1684 года церковь находилась в ведении Новодевичьего монастыря и неоднократно подвергалась ремонтам.
В 1804 году, на средства прихожан, была возведена каменная церковь с колокольней. Главный престол был освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы, правый придел — в честь святителя Николая Чудотворца, левый — в честь святых мучеников Флора и Лавра. Церковь была окружена оградой с двумя одноэтажными башнями на восточной стороне: в одной размещалась свечная лавка, в другой — церковная библиотека. В 1848 году были добавлены две башни с западной стороны, доведя их общее число до четырёх. В 1887 году на территории храма была построена часовня в честь коронования императора Александра III и императрицы Марии Фёдоровны.
Священнослужители храма не только выполняли церковные обязанности, но и преподавали в церковно-приходских и земских школах села Недельное и соседних деревень Григорьевская и Новая. Церковный староста Фёдор Иванович Глазунов на собственные средства позолотил кресты, иконостас, украсил главный престол живописью и возвёл новую ограду с двумя башнями. За эти заслуги в 1908 году он был награждён медалью.
В 1930-х годах храм был закрыт, и его здание использовалось под зернохранилище и склад запасных частей. В декабре 1941 года, во время боёв за село Недельное, колокольня храма получила повреждения. К середине 1990-х годов здание церкви находилось в запущенном состоянии: штукатурка осыпалась, территория заросла деревьями и травой.
26 мая 1995 года храм был возвращён Калужской епархии на основании постановления правительства Российской Федерации от 6 мая 1994 года № 466. Восстановительные работы начались в ноябре 2000 года при финансовой поддержке ОАО «Газпром». Руководство восстановлением осуществлял заместитель председателя правления ОАО «Газпром» Н.Н. Гуслистый. Средства поступали от предприятий ОАО «Газпром», а также от организаций и учреждений Калужской области, Москвы и других регионов России и зарубежья. В ходе работ был создан храмовый комплекс, включающий воскресную школу, приходской дом, часовню, мини-парк и озеро. Росписью храма занимались художники и реставраторы Московского государственного научно-исследовательского института архитектуры и реставрации.
С марта 2001 года, до завершения восстановления, богослужения проводились во временном помещении. 25 августа 2001 года состоялось торжественное открытие и освящение храма Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, который подарил храму копию иконы Казанской Божией Матери. Губернатор Калужской области А.Д. Артамонов передал в дар старинную икону вологодских мастеров «Спас Нерукотворный».
