Село Кутепово впервые упоминается в исторических документах в 1247 году в связи с битвой московского князя Михаила Ярославича Храброго с литовцами. В период правления царя Иоанна Грозного село находилось во владении опричников братьев Щербатовых, а позднее стало родовой вотчиной князей Оболенских-Щербатовых. Согласно Писцовым книгам 1627-1629 годов, в селе существовали две деревянные церкви: Богородичная и во имя Архистратига Михаила.
Каменный храм Архистратига Михаила был возведен в 1826 году на месте прежней деревянной церкви. Строительство осуществлено на средства помещика Николая Ефимовича Мясоедова, статского советника и бывшего московского вице-губернатора. Храм построен в стиле позднего классицизма с характерными для этого направления строгими пропорциями и симметричной композицией. Главный престол освящен в память чуда Архистратига Михаила в Хонех.
В 1930-х годах в храме появился придел святителя Николая Чудотворца. По свидетельствам, этот придел был устроен после разрушения Никольского храма в соседнем селе Храпеево, когда местные жители перенесли иконы и церковную утварь в кутеповскую церковь. В период Великой Отечественной войны храм не пострадал, несмотря на бомбардировки местности.
Во второй половине XX века при храме были проведены ремонтные работы: в 1981-1982 годах построен дом-сторожка, в 1983 году отремонтирован Никольский придел. В 2009 году на территории храмового комплекса возведена деревянная часовня в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница». Рядом с храмом находится источник, почитаемый как чудотворный, с устроенными купелями для паломников.
Храм сохранил первоначальную архитектуру классицистического периода. Двухпрестольный: главный престол посвящен чуду Архистратига Михаила в Хонех, придельный - святителю Николаю Чудотворцу. В храме находятся почитаемые иконы Божией Матери «Взыскание погибших», «Казанская» и «Калужская», а также старинная хоругвь с изображением чуда Архистратига Михаила.
