На рубеже XV–XVI веков на Лыщиковой горе, высоком левом берегу реки Яузы, был основан Покровский Лыщиков монастырь. В 1504 году Иван III упомянул этот монастырь в своей духовной грамоте, передав его своему сыну Василию III. После строительства Земляного вала в 1590-е годы часть территории монастыря была снесена. К концу XVI века монастырь был упразднен, а приходская церковь Покрова Пресвятой Богородицы упоминается в 1625 году.
В 1688 году деревянная Покровская церковь сгорела. В 1696 году на ее месте был построен каменный храм в стиле московского барокко с приделом святого Иоанна Дамаскина, освященный в 1697 году. В 1773 году на средства секунд-майора Ильи Алексеевича Лихарева был устроен придел в честь Казанской иконы Божией Матери. В 1803–1805 годах была построена существующая колокольня, а трапезная расширена.
Во время оккупации Москвы армией Наполеона храм пострадал: часть ценностей была утрачена, но иконостас в главном приделе сохранился. После восстановления в 1814 году, в 1878 году храм был полностью отапливаемым, а в боковых приделах установлены новые иконостасы. В 1895 году по проекту архитектора Н.В. Розова была проведена частичная перестройка храма.
В советский период храм не закрывался и сохранял свое внутреннее убранство. В 1962 году был построен многоквартирный дом, из-за чего переулок стал тупиковым и заканчивается у церкви. В 2016 году здание храма было передано Русской Православной Церкви и признано объектом культурного наследия федерального значения.
