На месте современного храма ранее находился Покровский девичий монастырь, упоминаемый в писцовых книгах 1585–1587 годов. Впоследствии на этом участке была возведена деревянная церковь, обнесённая каменной оградой. В 1793 году, по инициативе и на средства островского купечества, было принято решение о строительстве нового каменного храма, который стал вторым по значимости и считался одним из самых красивых в городе.
Архитектурный облик храма отражает стилистические особенности барокко. Здание имело отдельно стоящую четырёхъярусную колокольню, сооружённую в 1800 году, а также южный Петропавловский придел. Фасады украшались декоративными элементами, характерными для данного архитектурного стиля.
Храм функционировал как религиозное учреждение до 1946 года. В послевоенный период, в рамках антирелигиозной политики советской власти, здание подверглось значительным изменениям: купол и колокольня были взорваны, а оставшаяся часть перестроена. До 2006 года в здании размещался Дом пионеров (Дом детского творчества).
