По местному преданию, на месте современного храма в XVI веке находилась деревянная часовня, принадлежавшая Псковскому Пантелеймонову монастырю. Часовня, известная под названием «Выставка», служила местом наблюдения монастырских представителей за сельскохозяйственными работами на принадлежащих монастырю землях. Первое документальное упоминание о церкви в Елинах относится к 1628 году, когда она уже имела два престола: главный — в честь Покрова Пресвятой Богородицы и придельный — во имя святителя Николая Чудотворца.
В 1744 году храм был утверждён как самостоятельный приход. В 1798 году был освящён Никольский придел, а в 1811 году — Успенский придел, строительство которого продолжалось 12 лет. В этот период также были проведены работы по увеличению притвора и реконструкции звонницы, которая была приспособлена для размещения пяти колоколов, включая один большой весом 52 пуда.
Архитектурный облик храма соответствует стилю провинциального классицизма. Здание построено из местного известняка и имеет традиционную для православных храмов композицию с центральным объёмом, увенчанным куполом, и пристроенными с разных сторон приделами. Фасады украшены скромным декором, характерным для сельских храмов того времени.
Финансирование строительства и содержания храма осуществлялось за счёт пожертвований местных прихожан и помещиков, среди которых были представители семей Серебряковых, Корчевских, Корототыпиных, Беклешовых, Галенковых и Вульф. Церковному приходу принадлежало 15 десятин земли и неприкосновенный капитал в размере 2560 рублей.
В конце 1930-х годов храм был закрыт в рамках антирелигиозной кампании советской власти. Во время Великой Отечественной войны, в период немецкой оккупации, богослужения в храме были возобновлены и более не прекращались.
