Храм Покрова Пресвятой Богородицы в Боровске расположен на месте бывшего Высоко-Покровского Боровского монастыря, основанного в 1410 году боровским князем Симеоном Владимировичем и учеником преподобного Сергия Радонежского преподобным Никифором. В 1414 году в монастырь поступил двадцатилетний отрок Парфений, принявший постриг с именем Пафнутий и впоследствии ставший его игуменом. В 1444 году преподобный Пафнутий покинул обитель и основал новый монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы, ныне известный как Свято-Пафнутьев Боровский монастырь.
В начале XVII века монастырь был разорён в ходе польско-литовской интервенции. По указам царя Михаила Фёдоровича в 1615 и 1618 годах началось восстановление обители. К 1621 году была возведена деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы, сохранившаяся до настоящего времени. Храм построен из сосновых брёвен без использования гвоздей, с трёхсторонней галереей и колокольней. В описях Пафнутьева монастыря, к которому храм был приписан, он упоминается в 1701 и 1763 годах.
В 1764 году Высоко-Покровский монастырь был упразднён в связи с секуляризацией церковных земель. Территория монастыря превращена в городское кладбище, а храм стал приходским. В 1868 году возле алтаря построена часовня на месте предполагаемого захоронения родителей преподобного Пафнутия. В 1932 году храм был закрыт советской властью и возвращён верующим в 1994 году. В 1999 году ему присвоен статус подворья Свято-Пафнутьева Боровского монастыря.
В 2008-2009 годах проведена реставрация храма с заменой повреждённых брёвен и восстановлением утраченных элементов. 18 октября 2010 года храм был освящён митрополитом Калужским и Боровским. Сохранились отдельные иконы из первоначального убранства храма, в том числе образ Богоматери Петровской 1690 года, ныне находящиеся в Калужском областном художественном музее.