История православного прихода в Карпогорах восходит к XVIII веку. Первая деревянная церковь с престолами в честь Воскресения Христова и святых апостолов Петра и Павла была построена на берегу реки Пинеги, но 22 декабря 1741 года она сгорела. В 1745 году на более безопасном месте была возведена новая Воскресенская церковь, освященная 3 марта того же года. В 1874 году к ней был пристроен придельный храм в честь апостолов Петра и Павла. В период с 1875 по 1889 годы приход был упразднен, и его территория была разделена между соседними приходами. В 1889 году приход был восстановлен, и для его причта было назначено жалование.
В советский период храм был закрыт, и его здание использовалось в различных хозяйственных целях, что привело к его разрушению. В 1994 году администрация Пинежского района передала в аренду Веркольскому монастырю помещение, в котором была организована иконная лавка и начались регулярные молитвенные собрания. Спустя три года монастырю было передано другое здание, где была устроена церковь во имя праведного Артемия Веркольского. В пасхальную ночь 2005 года в Карпогорах впервые за последние восемьдесят лет зазвучали колокола, установленные на специально возведенных воротах.
В 2004 году было принято решение о строительстве нового деревянного храма во имя святых апостолов Петра и Павла. Строительство велось в Архангельске, и спустя три года храм был полностью завершен. 8 июля 2007 года епископ Архангельский и Холмогорский Тихон освятил новый храм.
