Первые упоминания о приходе Святителя Николая Чудотворца в Верколе относятся к 1623 году, когда в писцовой книге были зафиксированы Никольская и Георгиевская церкви. Эти храмы располагались на левом берегу реки Пинеги, вблизи будущего Артемиево-Веркольского монастыря. Обе церкви сгорели 21 июня 1639 года, после чего неоднократно восстанавливались.
В 1868 году, из-за ветхости прежних строений, Артемиево-Веркольский монастырь принял решение о переносе престола Святителя Николая на правый берег Пинеги, в деревню Веркола. Новый храм был построен в том же году и освящен 19 февраля 1869 года настоятелем обители игуменом Феодосием (Ореховым) при участии приходского священника Афанасия Ульяновского.
После революции 1917 года храм был закрыт в 1930-х годах. В здании размещался клуб, затем склад. В 1968 году церковь была окончательно разобрана, а её материалы вывезены на сенокосные угодья. На месте храма в 1970-х годах установили памятник героям Великой Отечественной войны.
В 2000 году началось возрождение церковной жизни в Верколе. Литературно-мемориальный музей Ф.А. Абрамова и монастырь организовали воскресную школу. 15 января 2002 года был официально зарегистрирован приход. В 2008 году общине передали помещение бывшего детского сада, где оборудовали домовый храм.
9 апреля 2011 года в домовом храме Святителя Николая Чудотворца состоялась первая Божественная литургия. В 2012 году на сельском сходе было принято решение о переносе воинского памятника, освободив историческое место для строительства нового храма.