До 1764 года в Кунесте существовала деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца, которая сгорела в декабре того же года вместе со всеми документами.Взамен утраченного храма, в том же 1764 году, помещик Андрей Ергольский совместно с крестьянами построил новую деревянную церковь, посвященную святым апостолам Петру и Павлу.На кресте, хранящемся в алтаре, имеется надпись, свидетельствующая об освящении жертвенника в этом храме 2 января 1769 года.
Метрические книги храма ведутся с 1810 года. В середине XIX века приход состоял из 35 деревень, с общим церковным капиталом в 1900 рублей. Зимой прихожане занимались рыбной ловлей на Чудском озере. Посещение богослужений было регулярным, в праздничные дни число прихожан достигало 200 и более человек. Особым почитанием пользовались праздники 6 декабря и 29 июня. В приходе также имелась часовня во имя святой великомученицы Анисии в сельце Заяловце.
В конце XIX века было принято решение о строительстве нового каменного храма. Строительство велось на средства местных крестьян-домохозяев при участии сборщика, разрешенного епархиальным начальством, и по указу Духовной консистории 1895 года. К 1909 году строительство было завершено, однако из-за недостатка средств освящение храма задержалось. Архитектурно храм представляет собой трехчастное краснокирпичное здание с приземистыми пропорциями. Основной объем окружен боковыми ризалитами, завершенными трехчастными кокошниками, и крупной полукруглой апсидой. Храм венчается массивным восьмериком с трехчастными полуциркульными кокошниками на каждой грани. Над широким притвором с крыльцом возвышается шатровая колокольня. Декоративные элементы, такие как килевидные и полуциркульные наличники, выделены белым цветом.
Согласно некоторым источникам, строительство каменного храма было осуществлено на пожертвования святого праведного Иоанна Кронштадтского и стараниями протоирея Михаила Образцова, который служил в приходе с 1911 по 1934 год. После него настоятелем стал священник Петр Четыркин, который был расстрелян вместе со своим помощником Михаилом Царевым 9 апреля 1938 года. С этого времени и на протяжении семидесяти лет богослужения в храме не проводились.
В период Великой Отечественной войны судьба храма остается недостаточно изученной. По свидетельствам местных жителей, в годы немецкой оккупации 1941 года в здании церкви размещались лошади немецких войск. В середине 1950-х годов в крест на колокольне ударила молния, что привело к его падению и последующему разрушению внешних стен храма.
В начале 2000-х годов начались работы по восстановлению храма. Инициатором реставрации стал протоиерей Константин Подкорытов. Специалисты Санкт-Петербургского Регионального Общественного Фонда «Братский корпус Святителя Николая Чудотворца» под руководством Олега Иликовича Титберия приступили к восстановительным работам. В декабре 2019 года храм Петра и Павла в деревне Кунесть был передан Псковской епархии.
