Впервые погост Саметь упоминается в 1581 году, когда царь Иван Грозный передал его в дар Московскому Чудову монастырю, в чьём владении он находился до 1764 года.
Первое упоминание о храме в Самети датируется 1616 годом, когда на погосте стояла деревянная церковь во имя святителя Николая. К 1629–1630 годам на погосте также отмечено место церковное во имя святых апостолов Петра и Павла. К началу 1650-х годов в селе уже имелись две деревянные церкви: во имя святителя Николая и во имя святителя Алексия, митрополита Московского.
В 1760-х годах, после секуляризации монастырских земель, на месте прежних деревянных храмов был возведён каменный пятиглавый храм с трёхъярусной колокольней, освящённый в 1768 году. В новом храме были устроены три престола: главный — во имя святителя Николая Чудотворца в холодном четверике, правый придел — во имя святых апостолов Петра и Павла, левый придел — во имя святителя Алексия, митрополита Московского, оба в тёплой трапезной.
В первой половине XIX века была возведена новая колокольня, а в 1870-х годах проведена реконструкция трапезной с приделами. Во второй половине XIX века церковь была окружена кирпичной оградой с воротами и угловой часовней. К западу от храма в ограде был построен дом причта, неподалёку от которого у юго-западного угла колокольни сохранилась часовня-столп того же времени.
В 1914 году император Николай II, в память своего посещения Костромской губернии в 1913 году, передал в дар церкви в Самети список Феодоровской иконы Божией Матери. 15 июля 1914 года этот образ был перенесён крестным ходом из церкви святых праведных Богоотец Иоакима и Анны в Костроме в Никольскую церковь в Самети. Однако осенью 2002 года икона была похищена из храма.
