Село Печерниковские Выселки было основано на рубеже XVIII и XIX веков переселенцами из села Печерники. В 1801 году, после переноса в новое поселение Никольской церкви из Печерников, населённый пункт получил статус села.
К 1870-м годам первоначальная деревянная церковь обветшала, и проведение богослужений в ней стало невозможным. В результате храм был закрыт и разобран. Прихожане и благотворители начали сбор средств для строительства нового каменного здания церкви. Всего было собрано 60 тысяч рублей, что позволило начать строительство.
В 1873 году строительство нового храма было практически завершено, а в 1889 году все работы были окончательно завершены. Новый храм представлял собой каменное здание с колокольней, соединённой с храмом трапезной частью. Внутренние стены были украшены живописью на библейские темы. Церковь была снабжена достаточным количеством утвари и священных облачений.
При храме имелись вспомогательные постройки. Деревянная сторожка на каменном фундаменте, созданная из материалов старой церкви, с 1879 по 1884 годы использовалась для размещения земской одноклассной школы для обучения приходских детей. В сентябре 1889 года в этом здании была открыта женская одноклассная церковно-приходская школа для девочек. В 1894 году в церковной каменной ограде было выстроено новое каменное здание, в котором разместилась двухкомплектная церковно-приходская мужская школа. В 1896 году, с разрешения епархиального начальства, был открыт приют для призрения бедных прихожан.
К 1917 году церковь представляла собой каменное здание с колокольней, соединённой с основным зданием. Вместимость храма составляла от 1000 до 1500 человек.
После 1917 года богослужения в храме прерывались на различные периоды. С 25 декабря 1929 года по 20 марта 1930 года службы не проводились в течение трёх месяцев, а с 1939 по 1942 год — в течение трёх лет. В 1942 году церковь вновь начала функционировать и оставалась действующей до 1958 года.
