Село Кротково, ранее известное как Богородское (Тукшум тож), было основано во второй половине XVII века как острог на южных подступах к Симбирску стрельцами и казаками. После перевода казаков в Азов село перешло во владение служилых дворян Кротковых, чья фамилия и дала название населённому пункту.
Первый тёплый каменный храм в честь Казанской иконы Божией Матери был построен в 1754 году помещиком Иваном Георгиевичем Кротковым. После Отечественной войны 1812 года, в честь победы над французами, уездный предводитель дворянства Андрей Васильевич Фатьянов возвёл пятиглавый каменный храм с редкой для сельской местности архитектурой.
В 1854 году помещица Екатерина Михайловна Фатьянова инициировала строительство нового холодного каменного храма во имя святителя Николая Чудотворца. Храм был возведён на холме и стал местом захоронения погибших на полях сражений симбирских ополченцев. Архитектурно здание представляет собой образец русской православной храмовой архитектуры середины XIX века.
В советский период храм был закрыт, и его здание использовалось для различных нужд, что привело к утрате многих первоначальных элементов интерьера и экстерьера. В последующие годы здание храма пришло в запустение.
