Село Черняное основано не позднее 1740 года и получило своё название от слова «чернь», означающего чернолесье. В 1782 году в селе был основан православный приход. В 1884 году на средства прихожан была сооружена новая деревянная церковь в честь святителя Николая с приделами Благовещения Пресвятой Богородицы и апостола Иоанна Богослова. При храме действовала церковно-приходская школа. В 1938 году храм был разрушен, а на его месте построена школа.
В 1997 году администрацией села под церковь было передано здание дома быта, построенное в 1968 году. В 1998 году здание реконструировано: к нему пристроены алтарная апсида, трапезная, притвор, котельная, а над основным объёмом установлена главка на гранёном декоративном барабане. С этого времени Никольская церковь действует, в ней совершаются регулярные богослужения.
Архитектурно современное здание храма представляет собой реконструированное строение с пристроенными алтарной частью, притвором, трапезной и котельной. Над основным объёмом установлена главка на гранёном декоративном барабане.
