Село Малиновка впервые упоминается в исторических документах в 1710 году под названием Поганка. В советский период село было переименовано в Малиновку по названию протекающей рядом речки. Православный приход в селе был основан в 1785 году. В 1868–1869 годах на средства прихожан была построена холодная однопрестольная деревянная церковь. В 1930-х годах храм был закрыт и переоборудован под сельский клуб, который в 1950-х годах сгорел.
Современная каменная церковь в честь Богоявления Господня была возведена в 2005–2006 годах. Архитектурно здание представляет собой четверик, перекрытый полуцилиндрами и увенчанный луковичной главкой на низкой шейке. С востока к основному объёму примыкает полукружие алтарной апсиды, а с запада — небольшой притвор, над которым устроена звонница.