Первые упоминания о храме относятся к 1618 году, когда он упоминается в окладной книге как церковь в вотчине Спасо-Прилуцкого монастыря. Первоначально храм был деревянным, но в 1846 году на его месте была построена каменная церковь. Главный престол был освящён в честь святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского. В 1876 году в тёплом храме был устроен придел во имя Тихвинской иконы Божией Матери и великомученика Пантелеимона. Также существовал придел во имя великомученика Феодора Стратилата.
Архитектура храма выполнена в стиле позднего классицизма. Основу композиции составляет квадратный в плане двусветный четверик с пологим куполом на низком глухом ротондальном барабане. К четверику примыкают апсида и широкая трапезная с притвором. Боковые фасады основного объема и западный фасад притвора отмечены большими тосканскими портиками с фронтонами. В убранстве присутствуют тянутые профили, пояски и карнизы. Углы четверика украшены лопатками, а стены трапезной имеют дощатый руст до уровня двух третей высоты, создающий фон для окон. Средняя часть трапезной перекрыта коробовым сводом, а боковые части имеют монастырские своды с распалубками над проемами. Интерьер основного объема перекрыт глухим уплощенным куполом на парусах и соединяется с трапезной и апсидой арочными проемами.
В советский период храм был закрыт и использовался не по назначению. В 1924 году церковь была передана Вологодскому горсовету. В 1939 году крест с колокольни был снят, а в 1940-е – 1950-е годы в здании храма находилось зернохранилище. В алтарной части была устроена сцена для выступлений. В последующие годы храм пустовал и разрушался.
Возрождение храма началось в конце 1990-х годов с установки поклонного креста и проведения молебнов. В 2017 году храм был приписан к храму в Васильевском, и начались восстановительные работы. Были вставлены окна, закрыта крыша, заделаны повреждения в сводах. Состояние храма улучшилось благодаря усилиям местных жителей и благотворителей. В настоящее время в храме проводятся богослужения, крестины, отпевания и венчания. Также функционирует воскресная школа и проводятся беседы с прихожанами.
