До обустройства храма здание бывшего поселкового магазина пустовало на протяжении 12 лет. В 1998 году было принято решение о создании в этом помещении церкви для обеспечения духовного окормления местных жителей и паломников. Первая Божественная литургия в храме состоялась 29 августа 1998 года.
Архитектурно здание церкви представляет собой типичное для конца XX века сооружение, адаптированное под нужды православного богослужения. Внешний облик храма отличается простотой и функциональностью, отражая особенности периода его создания и первоначальное предназначение здания.
С момента основания храм функционирует как подворье Свято-Троицкого Александро-Свирского монастыря, что подчёркивает его связь с историческими традициями православия в регионе. На протяжении более двух десятилетий церковь святителя Николая Чудотворца в Свирьстрое продолжает служить местом проведения богослужений и духовным центром для жителей посёлка и окрестностей.