Село Апраксино было основано во второй половине XVII века на землях, пожалованных атемарскому служилому дворянину Артемию Апраксину. К началу XX века население села составляло более 500 человек, а вместе с приписными деревнями — около 1150 человек.
Первоначально в селе существовала деревянная церковь, построенная в конце XVIII или начале XIX века. На месте алтаря этой церкви в конце XIX века была возведена каменная часовня. В 1884 году, в связи с обветшанием старой церкви, была построена новая тёплая деревянная церковь, освящённая во имя преподобного Алексия, человека Божия.
В 1887 году прихожанами была построена крупная летняя деревянная церковь с тремя престолами: главный — в честь Казанской иконы Божией Матери, правый придел — в честь Покрова Пресвятой Богородицы, левый — во имя святителя Николая Чудотворца. Церковь была построена из дерева и представляла собой образец традиционного русского деревянного зодчества.
При храме имелась церковная земля: 1 десятина усадебной, 1 десятина сенокосной и 41 десятина пахотной. Доходы от 12 десятин, завещанных мещанином Тимофеем Абрамовым, делились следующим образом: одна треть поступала в пользу храма, две трети — в пользу причта, за вычетом 15 рублей на просфорню. Причт состоял из священника и псаломщика; дома для них были общественные, построенные на церковной земле. Жалование от казны составляло: священнику — 300 рублей, псаломщику — 100 рублей.
В советское время, в период антирелигиозной кампании, храмы были уничтожены. Приход был восстановлен, и богослужения проводятся в приспособленном помещении, освящённом в память о прежнем приделе как Никольская церковь.
