Первое упоминание о церкви на этом месте относится к 1736 году. Согласно топографическому описанию Моршанска, составленному в 1782 году, первоначальный деревянный храм был построен в 1602 году в Базиевской слободе, являвшейся пригородом Моршанска. Храм был освящён во имя святителя Николая Чудотворца и представлял собой деревянное сооружение с дубовой колокольней.
В 1814 году, в связи с перепланировкой улиц города, храм был перемещён на новое место, находящееся в 42 аршинах от прежнего. На старом месте была устроена часовня. Однако в 1848 году деревянная церковь была уничтожена пожаром. В результате пожара были утрачены святыни, жертвенник, иконостас, колокольня и библиотека.
В период с 1848 по 1851 год на средства прихожан было построено новое деревянное здание храма. Строительство велось под руководством священника Иоанна Курганского и при активном участии прихожанина Николая Малина. Новый храм был освящён в 1852 году и вновь посвящён святителю Николаю Чудотворцу. Архитектурно здание представляло собой типичный для того времени деревянный храм с колокольней, построенный в стиле "кораблик", где купол — "восьмерик на четверике", алтарь, собственно храм и колокольня располагались на одной оси.
В 1894 году при храме было создано общество трезвости.
В 1938 году, в период советской антирелигиозной кампании, церковь была закрыта. В 1937 году был расстрелян последний священник храма. Во время Великой Отечественной войны в здании храма размещались мастерские по ремонту авиационных двигателей. В 1943 году храм был вновь открыт для богослужений. Церковь была освящена архиепископом Тамбовским и Мичуринским Лукой (Войно-Ясенецким).
С тех пор храм не закрывался и продолжает действовать по сей день. Он является центром духовной жизни прихода и играет важную роль в религиозной и культурной жизни Моршанска.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание с колокольней, выполненное в традиционном русском стиле. Главный престол освящён в честь святителя Николая Чудотворца. Правый придел посвящён первоверховным апостолам Петру и Павлу, а левый — Казанской иконе Божией Матери.
На протяжении своей истории храм неоднократно подвергался реставрации и ремонту, что позволило сохранить его архитектурный облик и историческое значение. В настоящее время церковь продолжает служить местом богослужений и духовного окормления прихожан.
