Комплекс зданий архиерейского подворья, в который входит храм, был основан в 50-х годах XVIII века и представляет собой уникальный дворцово-парковый ансамбль в центре Гродно. В 1858 году здание было передано Литовско-Виленской епархии, к которой тогда принадлежал город Гродно. Согласно историческим свидетельствам, здание епархиального управления считалось одним из красивейших в Русской Православной Церкви.
Ранее в здании архиерейского подворья находился домовый храм, освящённый в честь трёх Виленских мучеников: Антония, Евстафия и Иоанна. В 2004 году, после соответствующего указа Президента, комплекс зданий архиерейского подворья был передан Гродненской епархии. Внешний вид этого памятника архитектуры XVIII века был значительно искажен, однако при проектировании была поставлена задача восстановить изначальный облик комплекса.
16 декабря 2012 года состоялось освящение Свято-Никольского храма в Гродно. Флигель, в котором сегодня находится Никольский храм, ранее использовался как конюшни в XVIII-XIX веках и был полностью перестроен заново. Строительство храма осуществлялось без создания отдельной общины; средства на его возведение собирались всеми прихожанами епархии. В этом смысле Никольская церковь является скорее не приходской, а епархиальной. Поэтому освящение храма стало значимым епархиальным событием.
При освящении храма присутствовали архиепископ Гродненский и Волковысский Артемий, епископ Бобруйский и Быховский Серафим, мэр города Гродно и председатель Комитета государственного контроля по Гродненской области.
Архитектурно храм представляет собой одноэтажное здание с мансардным этажом, выполненное в стиле, характерном для белорусской архитектуры XVIII века. Фасады здания украшены арочными проёмами и декоративными элементами, соответствующими историческому облику комплекса. Внутреннее убранство храма включает иконостас и другие элементы, выполненные в традициях православного церковного искусства.
