Комплекс зданий архиерейского подворья, в состав которого входит домовая церковь, был передан Гродненской епархии в 2004 году. Внешний вид этого памятника архитектуры XVIII века был значительно искажен, однако при проектировании была поставлена задача восстановить изначальный облик комплекса.
Флигель, в котором сегодня находится Никольский храм, а в XVIII–XIX веках размещались конюшни, был полностью перестроен заново. Строительство храма осуществлялось без общины; средства на его возведение собирались всеми прихожанами епархии. В этом смысле Никольская церковь является скорее не приходской, а епархиальной.
16 декабря 2012 года произошло освящение Свято-Никольского храма города Гродно. На торжественное богослужение по приглашению архиепископа Артемия также прибыли епископ Бобруйский и Быховский Серафим, мэр города Гродно и председатель Комитета государственного контроля по Гродненской области.
Архитектурно храм представляет собой здание, выполненное в традиционном стиле с элементами классицизма. Основной объём храма завершён куполом с крестом, фасады украшены арками и декоративными элементами. Внутреннее убранство храма включает иконостас, выполненный в каноническом стиле, и росписи на религиозные темы.
