История храма восходит к XVIII веку, когда на окраине города Шебекино, в селе Устинка, была основана Коренская Николаевская мужская пустынь. Обитель получила своё название в честь святителя Николая Чудотворца и речки Корень. Первоначально это было место уединения двух отшельников, Ионы и Пимена, в Коренном лесу. Со временем к ним присоединились другие монахи, и таким образом была основана пустынь.
Величайшей святыней обители являлась чудотворная икона святителя Николая Ратного. Согласно преданию, в XVI–XVII веках (точная дата неизвестна) произошло чудо: жители села Устинка и насельники мужской пустыни устрашили татар из Дикого поля, что привело к отступлению орды. Впоследствии, в 1765 году, Белгородская духовная консистория вынесла определение об упразднении пустыни вследствие её бедности, а чудотворный образ святителя Николая Чудотворца был перенесён в Белгородскую соборную Троицкую церковь. Однако ежегодно 18 мая икона возвращалась в Устинку с тридцативерстным крестным ходом и оставалась там до 24 мая, после чего приносилась обратно в Белгород .
В 1808 году в Устинке была возведена новая каменная церковь. После революции 1917 года храм был разрушен, а на его месте построена школа.
В 1995 году икона Николы Ратного была вновь обретена, что послужило толчком к возобновлению крестных ходов на реку. Впоследствии было принято решение о строительстве нового храма. Строительство началось 7 июня 2007 года, и 26 июля 2014 года храм был освящён митрополитом Белгородским и Старооскольским Иоанном .
Архитектурно храм представляет собой традиционное православное сооружение, выполненное в классическом стиле с элементами русской церковной архитектуры. Здание построено из кирпича, имеет один купол, увенчанный крестом. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для православных храмов.