История церковной жизни в Наволоке восходит к XV веку. Согласно Писцовым книгам 1495 года, в Наволоках находился погост, объединявший несколько десятков деревень. На погосте располагалась церковь, известная как «Великий Никола», шесть крестьянских дворов и четыре двора церковнослужителей. В домосковский период Наволоки принадлежали новгородскому владыке, а позднее отошли к дворцовому приказу. В Писцовой книге 1581–1582 годов упоминаются двор помещиков и двор людской, при этом крестьянские дворы были пусты.
В 1624 году в Наволоке была построена деревянная церковь, которая в XIX веке подверглась значительной перестройке. К началу XX века её облик существенно изменился, однако местные жители знали о её трёхвековой истории. В довоенные годы здание использовалось как школа. В начале 1970-х годов церковь была разобрана. По сохранившимся описаниям и обмерам, выполненным в середине XIX века и в 1919 году, архитектор Л.Е. Красноречьев создал графическую реконструкцию храма, представлявшего собой клетскую постройку с повышенным главным срубом, прямоугольным алтарём и обширной трапезной, к которой примыкала галерея, соединённая с высокой восьмигранной колокольней, завершавшейся шатром.
В 1891 году в Наволоке была возведена каменная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Архитектурно здание выполнено в стиле эклектики с элементами русско-византийского стиля. Первоначально храм имел пять куполов и колокольню, примыкавшую к паперти. К настоящему времени утрачены пять куполов, изменено покрытие, разобрана колокольня.
В 1938 году священник, служивший в церкви села Наволок, был арестован и расстрелян в Ленинграде. Богослужения в храме были прекращены. 31 августа 1996 года архиепископ Новгородский и Старорусский Лев освятил церковь и совершил в ней первую литургию после длительного перерыва.
