Первоначально на этом месте находилась деревянная церковь, построенная в XVIII веке. В 1815 году она была уничтожена пожаром, возникшим по неосторожности сторожа во время Великого поста. После этого богослужения временно проводились в деревянном дворце, ранее предназначенном для отдыха императрицы Анны Иоанновны во время строительства Ладожского канала. Согласно архивным данным, в период с 1817 по 1820 годы на месте сгоревшей церкви была возведена новая каменная церковь во имя святителя Николая Чудотворца с двумя боковыми приделами — святых апостолов Петра и Павла и великомученицы Параскевы Пятницы. Строительство осуществлялось на средства, собранные прихожанами, при активном участии священника Стефана Алексеева. Завершение строительства и освящение храма состоялось в 1821 году.
К 1860 году здание храма обветшало и стало недостаточным для возросшего числа прихожан. По проекту архитектора М.А. Щурупова в 1861 году была проведена реконструкция, в ходе которой боковые приделы были упразднены, а само здание обновлено. Ремонтные работы финансировались как за счёт церковных средств, так и пожертвований прихожан.
В 1938 году, в период антирелигиозной политики советской власти, приход храма был распущен, и здание передано в ведение местного совета. Во время Великой Отечественной войны, особенно в период блокады Ленинграда, церковь использовалась как эвакуационный пункт на Дороге жизни, предоставляя временное убежище для эвакуируемых жителей города.
В 1996 году начались реставрационные работы по восстановлению храма. 13 июня 2000 года церковь была передана Свято-Троицкому Зеленецкому монастырю для организации подворья. С этого времени в храме возобновились регулярные богослужения, и он вновь стал действующим.
