Первое упоминание о храме во имя святого пророка Илии в селе Черное относится к началу XVII века. В Дозорной книге Водской пятины Корельской половины 1612 года указано: «Сельцо Черная, а в нём храм Ильи пророка над озером Ладожским». Деревянная церковь сгорела вместе с селом в 1760 году.
В 1763 году на прежнем месте была построена новая деревянная церковь во имя Богоявления Господня. Освящение совершилось по грамоте архиепископа Великого Новгорода Димитрия. Храм имел теплый придел и служил духовным центром для местного населения.
К концу XIX века здание пришло в ветхость. В 1871 году митрополит Новгородский, Санкт-Петербургский и Финляндский Исидор выделил средства на строительство нового каменного храма. Проект был разработан архитектором Владиславом Пильцем и утвержден в 1873 году. Строительство завершилось в 1875 году, главный алтарь освятили 5 октября.
Каменный храм имел крестообразную форму с полукружием алтаря, одноглавый, с деревянным куполом и колокольней. После постройки новой церкви старую разобрали, а на месте алтаря возвели часовню. В храме сохранялись почитаемые иконы: храмовый образ Пророка Илии, спасенный при пожаре, и икона Богоявления 1763 года.
Богослужения в храме продолжались до 1937 года, когда настоятель был арестован и расстрелян. В 1946 году службы возобновились, но в 1960 году храм закрыли. Здание постепенно разрушалось. В 2006 году началось восстановление храма по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира. 2 августа 2006 года в ограде храма отслужили первый молебен, а в 2008 году совершили первую литургию после долгого перерыва.
