Храм святых бессребреников чудотворцев Космы и Дамиана в Калининграде был основан как приход в сентябре 2002 года. В феврале 2003 года началось строительство временного деревянного храма, завершенное в апреле того же года. Каменный семикупольный храм был заложен в январе 2004 года, чин освящения закладного камня совершил митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл.
Строительство основного здания храма продолжалось до 16 ноября 2013 года, когда состоялось его освящение. 22 декабря 2012 года храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. Архитектурный облик храма выполнен в традициях русского церковного зодчества с элементами региональной адаптации.
Престольный праздник храма отмечается 14 ноября по новому стилю, в день памяти святых бессребреников Космы и Дамиана Асийских. Святые Косма и Дамиан, жившие предположительно в III-IV веках в Малой Азии, были врачами, прославившимися безвозмездным лечением больных, за что получили именование «бессребреников».
Исторически в православии почитаются три пары святых с именами Косма и Дамиан: Асийские (память 1/14 ноября), Римские (1/14 июля) и Аравийские (17/30 октября). Косма и Дамиан Асийские, в честь которых освящен калининградский храм, согласно житию, получили от Бога дар исцелений и помогали страждущим, не требуя платы, следуя евангельским словам: «Даром получили, даром давайте» (Мф. 10:8).
Храм расположен в поселке имени А. Космодемьянского (административный округ Калининграда), который до 1946 года носил немецкое название Метгетен. В довоенный период на территории современного храма находилось иное сооружение, не связанное с православной традицией. Новый храм стал первым православным сооружением в этом районе в постсоветский период.