Первая церковь в станице Подгорной, освященная в честь Казанской иконы Божией Матери, была построена в 1801 году на средства прихожан. Здание было деревянным, с каменным фундаментом, покрыто железом. В 1878 году проведен капитальный ремонт храма. Церковь имела один престол, каменную ограду с железными воротами. Причт состоял из священника и псаломщика. Земельные наделы при храме составляли 280 десятин, из которых 126 десятин отводилось духовенству.
В 1930-1931 годах храм был закрыт для богослужений. В здании разместили клуб, библиотеку и зернохранилище. Алтарную часть переоборудовали под сцену. В 1934-1936 годах началось разрушение церкви: были сняты кресты и колокола, частично разобраны стены. Окончательный снос храма произошел в 1956 году.
В 1990 году началось возрождение церковной жизни в станице. Сначала была построена крестильня у кладбища, а в 1992 году заложен фундамент нового храма. За основу архитектурного решения взяли проект Крестовоздвиженской церкви города Кисловодска. Строительство завершилось в 1996 году. 28 октября 1997 года состоялось освящение нового храма и первая Божественная литургия.
Современное здание храма представляет собой крестово-купольную постройку с деревянными куполами, облицованными нержавеющей сталью. Храм относится к Георгиевской епархии Ставропольской митрополии Русской Православной Церкви. Богослужения совершаются на церковнославянском языке.