К началу XX века деревянная церковь обветшала и стала тесной для увеличившегося числа прихожан. В 1907 году сельское общество приняло решение о строительстве нового храма во имя Иоанна Крестителя и одновременной реконструкции старой Казанской церкви. Жители села обязались предоставить строительные материалы для проведения работ.
В 1910 году реконструкция Казанской церкви была завершена. Храм был расширен, что позволило увеличить его вместимость до 1200 человек. К церкви была пристроена колокольня, а вокруг сооружена каменная ограда.
В 1937 году, в период антирелигиозной политики советского государства, обе церкви села были закрыты. Храм Иоанна Крестителя был разрушен, а на его месте позже построен дом культуры. Казанская церковь использовалась как зернохранилище, её иконы были вынесены и отданы жителям для отопления домов, а иконостас разобран.
Несмотря на это, многие прихожане сумели сохранить церковное имущество. Например, напрестольное Евангелие 1859 года издания, пожертвованное семьёй Косякиных после паломничества в Иерусалим, было спрятано Марией Ивановной Косякиной в стене собственного дома. После возобновления богослужений в 1947 году Евангелие и другие святыни были возвращены в церковь.
В 1947 году, благодаря усилиям местных жителей, церковь была вновь открыта. Восстановительные работы начались в 1953 году под руководством протоиерея Стефана Акашева. Поскольку власти запрещали внутреннюю роспись храма, иконы писались на дому и затем незаметно устанавливались внутри церкви, что позволило сохранить её внутреннее убранство.
В начале 1990-х годов церковь во имя Казанской иконы Божией Матери в селе Заплавное была включена в список охраняемых государством памятников архитектуры. Службы в храме совершаются регулярно, а на средства благотворителей был проведён ремонт фасада здания и системы отопления.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, обшитое тёсом, сооружённое в 1910 году в стиле эклектики. Он имеет традиционную для православных храмов структуру с пристроенной колокольней и каменной оградой.