Первое упоминание о храме Казанской иконы Божией Матери в селе Малые Лызи относится к 1878 году. Деревянная церковь была построена на средства прихожан и освящена в честь явленного в Казани чудотворного образа. Храм функционировал как приходской для жителей села и окрестных деревень до 1933 года, когда постановлением советских властей был закрыт для богослужений. В 1939 году здание разобрали.
В начале XX века при храме действовала земская школа, открытая в 1872 году, а ранее — школа Братства святителя Гурия, основанная в 1870 году. Село Малые Лызи, известное с 1710–1711 годов под названием Сергеевка, находилось на Сибирском тракте. В 1790 году через село проезжал в ссылку писатель А.Н. Радищев.
Восстановление храма началось в постсоветский период. Новая деревянная церковь была построена в 2006 году на историческом месте. Архитектурное решение соответствует традициям деревянного зодчества. Престол освящен в честь Казанской иконы Божией Матери, как и предыдущий храм. Даты престольных праздников — 21 июля по новому стилю (явление иконы в Казани) и 4 ноября (избавление Москвы от поляков в 1612 году).
Село Малые Лызи входило в состав Балтасинской волости Казанского уезда Казанской губернии до 1920 года, затем — в Арский кантон ТАССР. С 1932 года относится к Балтасинскому району, является центром Малолызинского сельского поселения. По данным 2015 года, население села составляло 413 человек, преимущественно удмуртов и русских.