В конце XVIII века село Маковцы принадлежало помещикам В. В. и И. С. Головиным. В этот период в селе существовала деревянная церковь, служившая местным жителям для отправления религиозных обрядов. В начале XIX века усадьба перешла во владение дворян Победоносцевых, а в середине века её хозяйкой была П. И. Победоносцева. Позднее владельцами усадьбы стали помещики Панютины.
В 1869 году на месте обветшавшей деревянной церкви была возведена новая каменная церковь в стиле классицизм, освящённая в честь Казанской иконы Божией Матери. Строительство храма было осуществлено на средства прихожан. Архитектурный облик церкви характеризуется строгими классическими формами, свойственными для культовых сооружений того периода.
В советский период, характеризующийся антирелигиозной политикой государства, храм был закрыт, и его здание использовалось не по первоначальному назначению. К началу XXI века здание церкви находилось в заброшенном и руинированном состоянии. Колокольня храма частично разрушена, сохранился только нижний ярус. Вокруг церкви расположены старые надгробия, свидетельствующие о существовавшем ранее кладбище. Рядом с храмом сохранились фрагменты липового парка, ранее имевшего регулярную планировку.
