Село Фёдоровка было основано около 1750 года и первоначально состояло из девяти дворов.
В 1850 году в селе была построена первая небольшая деревянная церковь. К концу XIX века, в связи с увеличением числа прихожан и ветхостью старой постройки, возникла необходимость в строительстве нового храма. В 1884 году, по решению сельского схода, началось возведение новой деревянной церкви на средства прихожан. Строительство завершилось в 1889 году, и 9 сентября того же года храм был освящён в честь Казанской иконы Божией Матери.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд: первоначально пустовало, затем в нём хранили зерно, а впоследствии разместился дом культуры.
В августе 1990 года в селе возобновилась приходская жизнь, и здание храма было возвращено православной общине. К началу 2000-х годов деревянное здание обветшало, и в 2003 году было принято решение о строительстве нового кирпичного храма рядом со старым. К лету 2004 года здание нового храма было подведено под крышу.
В период с 2002 по 2003 годы Казанско-Богородский храм временно функционировал как Богородице-Казанское подворье Покровского Эннатского мужского монастыря.