Освящение храма состоялось в 1744 году по благословению епископа Феофилакта, Переславского и Дмитровского.
В 1756 году рядом с Богоявленским храмом на средства купца Петра Афанасьевича Немчинова был возведен каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца с приделом Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Этот храм пострадал во время Отечественной войны 1812 года и впоследствии был частично перестроен.
В Богоявленском храме хранилась небольшая икона Казанской Божией Матери в серебряной, позолоченной ризе, пожертвованная в 1705 году при основании Гжатской пристани императором Петром I. К Богоявленскому храму был приписан Вознесенский кладбищенский храм. Недалеко от храма находилась каменная часовня, построенная в XVIII веке, в которой хранилась большая древняя икона святителя Николая, почитаемая всеми горожанами, включая старообрядцев.
В 1930-х годах храм был закрыт и разграблен, а колокольня разрушена. В 1980-х годах здание храма было реставрировано и приспособлено под выставочный зал и картинную галерею. Впоследствии храм был передан приходу в хорошем состоянии. Центральный престол был освящен митрополитом Кириллом 18 апреля 1992 года в честь Казанской иконы Божией Матери. В период с 1996 по 1999 годы велись ремонтные работы на фасадах и в интерьере храма.
