История храма Казанской иконы Божией Матери в Крымске начинается в 1944 году, когда православные верующие приобрели небольшой дом по улице Луначарского, 305, для совершения молитвенных собраний. В 1950-х годах, несмотря на препятствия со стороны советских властей, на этом месте был построен молитвенный дом. Впоследствии здание было конфисковано городским исполкомом и передано коммунальному хозяйству, однако приход продолжал арендовать его для богослужений до 1991 года, когда здание было возвращено верующим.
В 2003 году администрация Крымска разрешила реконструкцию здания. В 2004 году был заложен фундамент, а в 2005–2007 годах возведены стены, перекрытия и купол с крестом. В 2008–2009 годах проводилась внутренняя отделка храма. В 2009 году приход арендовал 352 кв. м прилегающей территории для благоустройства.
7 июля 2012 года храм серьезно пострадал от наводнения, вызванного сильным паводком. Вода поднялась более чем на 2 метра, разрушив иконостас, повредив иконы, церковную утварь и подсобные помещения. Богослужения возобновились через две недели после стихийного бедствия. В последующие годы храм был восстановлен: установлен новый иконостас, написаны иконы, благоустроена территория, начато строительство колокольни.
Храм представляет собой одноглавое здание с двухъярусной колокольней, пристроенной в 2013 году. Архитектурно он выполнен в виде вытянутого четверика, перекрытого трифолийной полуцилиндрической крышей, с полукруглой апсидой. Приход относится к Новороссийской епархии Русской Православной Церкви.