Первая каменная церковь в станице была построена в 1887 году при поддержке Кубанского казачьего войска. 1 ноября того же года благочинный 20-го округа Кубанской области священник П. Цветков освятил храм во имя святого великомученика Пантелеимона.
Во время Великой Отечественной войны, в период с 1941 по 1945 годы, станица Нижнебаканская подверглась значительным разрушениям, затронувшим и храм, вокруг которого немецкими войсками было устроено кладбище. После окончания войны на месте разрушенного храма были построены спортивный зал и новое здание школы.