Первое документальное упоминание о церкви в селе Шухомош относится к 1620 году, когда в писцовых книгах Костромского уезда упоминается церковь «Ивана Предотеча в селе Шехомате». В период с 1627 по 1631 годы в вотчине вдовы Фёдоры Алексеевны Зюзиной в селе Шухомаш значились две деревянные церкви: Никольская и Иоанна Предтечи. В сентябре 1715 года, по указу, на месте сгоревшей церкви была перевезена и установлена ветхая церковь во имя Николая Чудотворца из Костромского уезда.
В 1788 году на средства прихожан была возведена каменная церковь с колокольней. Главный престол храма был освящён в честь Зачатия святого Иоанна Предтечи, а в тёплом приделе — во имя святителя Николая Чудотворца. Архитектурные особенности храма включают традиционные для того времени элементы, однако подробные описания не сохранились.
В конце XIX — начале XX века село Шухомош входило в состав Середской волости Нерехтского уезда Костромской губернии. С 1918 года оно стало частью Середского уезда Иваново-Вознесенской губернии. В 1929 году село вошло в состав Погостского сельсовета Середского района Ивановской области, с 1976 года — в составе Иванковского сельсовета, а с 2005 года — в составе Иванковского сельского поселения.
