Первое упоминание о храме в селе Мелихово относится к 1774 году, когда была построена деревянная церковь в честь Богоявления Господня. Этот храм служил духовным центром для местного населения, а приход насчитывал 1087 человек в начале XX века. При храме действовала земская школа, что свидетельствует о его роли в образовательной жизни села.
В 1930-е годы храм был разрушен, и село оставалось без церкви до 2007 года. В этот период религиозная жизнь в Мелихово практически прекратилась, а здание церкви не сохранилось. В начале XXI века было принято решение о возведении нового храма на месте утраченного.
7 июля 2007 года архиепископ Белгородский и Старооскольский освятил новопостроенный храм в честь Рождества Иоанна Предтечи. Церковь представляет собой однокупольный четверик, выполненный в псевдорусском стиле. Архитектурные особенности включают узкие стрельчатые окна, широкие лопатки на фасадах, завершение основного объема в форме кокошников и шлемовидный купол на граненом световом барабане.
Храм не имеет трапезной и колокольни, что отличает его от традиционных церковных построек. Село Мелихово, где расположен храм, впервые упоминается в исторических документах 1599 года. На протяжении своей истории оно сохраняло статус значимого населенного пункта в Корочанском районе.